這樣一來，朱由校在京師的羽林親軍除了剛剛從遼東回來的近衛營步兵第一千總部以及騎兵第一千總部的黃得功所部，就是在訓的近衛營步兵第四千總部和騎兵第二千總部。

    而在這一切安排妥當后，朱由校才正式著方從哲下旨，以衍圣公府目無君上、要挾朝廷、意圖謀反為由，著去山東查邪教案的近衛營步兵第三千總部除賊護君。

    “《皇明報》立即發文，剖析衍圣公府竊據圣人血脈，而意圖謀亂之野心，并將其昭示天下，并著崇文寺查禁天下各大涉及衍圣公孔府的文章書籍，予以銷毀，并著天下忠義文士撰文揭露衍圣公目中無朕、勾結韃虜邪教、企圖謀反的狼子野心！著英國公張維賢與大學士韓爌去南京祭孝陵，告知太祖曲阜孔府偽造圣人血脈、并欺皇室之罪，告知太祖朕決意鏟除竊據圣人血脈并賣漢家尊嚴而求榮的無恥之曲阜孔家！”

    朱由校對方從哲吩咐了起來。

    方從哲回道：“臣領旨！”

    同時，方從哲又道：“趁此機會，臣認為當改革天下禮制，明諭天下，大明只能有一圣，此圣當是天子！而所有人臣不得另造圣賢而抗朝廷王法！當諭禮部，今后各官學社學以及官府準辦之私塾書院當不再掛孔子像，而應掛當朝天子像，以避免天下士子只知有至圣先師，而不知天子，只知有師，而不知有君！”