隨著混亂在昭田軍陣中不斷蔓延，黑田秀忠也算是追隨長尾為景參加過一些規模較大的合戰，他明白眼下昭田軍大勢已去。擊潰其實并不可怕，只要不被聚殲，待戰后收攏敗軍，再休整一段時間后，還是能再與上條軍一戰的。

    于是，黑田秀忠急忙下令向府中一帶撤退。

    可是，隨著八條春綱、八條能重兩部的加入混戰，就使得昭田軍沒有多余的兵力來牽制八條房繁、宇佐美定勝兩部。

    八條房繁和宇佐美定勝可不愿意放跑了黑田秀忠、金津祐高等賊首，直接率龍捷備、虎捷備兩支常備軍勢擊潰了面前的昭田軍后，就將昭田軍的退路進行封鎖。

    兜巾山上的清定見己方完全取得優勢后，便下令黑金景信、藤目勝久二人率一百余馬廻眾出陣，絞殺正在潰逃的昭田軍敗軍。

    到了傍晚時分，合戰才宣告結束。

    尾神岳、兜巾山一帶積尸數里，血流成河，馬嘶如云，一片慘象。昭田軍的武士、足輕、農兵、陣夫等被討取的人數高達兩千余人，糧草輜重更是盡數丟棄于尾神岳。

    至于昭田軍諸將的結局并不一樣：昭田家勇將昭田與七郎在混戰之中被小島貞興一刀斬于馬下；松之山大隅守被宇佐美定滿所部槍足輕刺于馬下被討?。簧显鴰煲鈭D率部突圍時被八條能重所部弓足輕射殺；海老名彈正、野澤藤右衛門、長部高長、風間高盛等羽茂本間家諸將更是在逃離戰場之際遭到落武者狩，首級也以二十貫文一個的價格賣給了上條軍。

    黑田秀忠、金津祐高二人在戰局愈發不利之際，就直接拋下了己方軍勢不管，帶著十余名馬廻眾逃回了春日山城，他們在途中根本不敢絲毫停留，生怕遭到落武者狩。

    上條軍則是在清定的命令下乘勝追擊，一路接連收復荒城、蟲川城、江守城、直峰城、唐野城、大間城、雁金城、池舟城等二十余座城池兵砦。

    經此一役，上條家極大打擊了昭田家的銳氣。

    當天夜里，清定還安排麾下軍勢收斂在尾神岳、兜巾山一帶中陣亡的將士，并刊石立碑，嘉獎己方陣亡者的功績，讓米山寺的僧人們做法事。同時，清定的仁心也推及敵人，昭田一方的陣亡將士在經過首實檢后也被一并掩埋。

    原本，當長尾晴景、上杉定實這對翁婿逃出頸城郡后，越后諸將大都以為府中長尾家、越后上杉家已經無法復興，因此不是擁兵進行觀望就是選擇倒向昭田常陸介、長尾俊景一方。

    等到上條軍于尾神之戰大勝的消息傳至整個越后七郡后，柿崎景家、加地春綱、黑川清實、中條藤資、安田長秀、山浦主水正等下越諸將紛紛率軍前來與上條清定進行合流，或者是送來糧草輜重以資軍用。

    一時間，上條軍勢力大增，昭田一方則從此戰開始由盛轉衰。