隨著上杉家將奧羽兩州靜謐后，就通過奧羽兩州國分案，開始對原先雄踞北奧、津輕、中奧等地的南部家進行肢解，還將南部氏的一門總領之位交還給了波木井南部家出身的八戶南部家，并將石川城、高水寺城、八戶根城、志津川城等奧州的重鎮要地都配置譜代家臣進行鎮守。

    上杉清定的目的就是將奧羽兩州的政治勢力碎片化，從而便于上杉家羈縻控馭。

    如此一來，南部家在遭到上杉家重創后，還被拆分成了五家：三戶南部家、四戶南部家、七戶南部家、八戶南部家、久慈南部家。

    這五家的關系若即若離，錯綜復雜，雖然被強行拆分，但又各自存在千絲萬縷的密切聯系，甚至被外界依然視為一個整體。而南家、北家、東家、堤家、石川家、石龜家、毛馬內家、長牛家、石鳥谷家、大光寺堤家（堤南部家庶流）、一戶家、九戶家等大部分庶子家都因失領后，被迫隨主家三戶南部家一同遷往北奧的北郡之中。

    所以，清定為了減小南部一族在北奧、津輕、中奧等地的影響力，將八戶南部家轉封至甲斐巨摩郡的舊領南部莊，還將七戶南部家轉封至中奧的巖手郡。

    為了避免三戶南部家迅速恢復元氣，清定還特意將天間林鐵山、大林鐵山、葛澤金山、上北銅山、村上銅山、大揚銅山等北郡境內的礦山收為上杉家直領，僅僅給三戶南部家保留了大湊、野地邊湊兩座規模不算太大的海港。

    清定鑒于奧羽兩州才得以靜謐，以及交通、通信水平較差，加上上杉家的治下領國規模還在不斷擴張，便利用自己兼任奧州管領役職的職權，將幅員較為遼闊的陸奧一國再度進行拆分，以便于上杉家的治理。

    于是，清定便從陸奧境內析加美郡、玉造郡、遠田郡、志田郡、氣仙郡、本吉郡、登米郡、栗原郡、黑川郡、桃生郡、牡鹿郡、宮城郡、名取郡、柴田郡置陸前國；析閉伊郡、稗貫郡、和賀郡、膽澤郡、江刺郡、筑波郡、磐井郡、巖手郡、鹿角郡、九戶郡置陸中國；析津輕之地的西浜郡、鼻和郡、山邊郡、田舍郡、平賀郡、外浜郡置津輕國。

    如此一來，陸奧國就只剩下北郡、三戶郡、二戶郡三郡之地。

    當然，為了在出羽一國增強上杉家的影響力，清定還不忘派遣使者上奏朝廷，并通過近衛家從中斡旋，析出羽國北部的山本郡、秋田郡、仙北郡、河邊郡、由利郡、平鹿郡、雄勝郡置羽后國；將南出羽的置賜郡、村山郡、最上郡、游佐郡、田川郡、櫛引郡另置羽前國。

    對于先前暗中與伊達稙宗有所往來，甚至還準備向上杉家舉起反旗的二階堂照行，于奧羽兩州之地靜謐后，被清定處以改易，雖免于一死，但與其家眷一同流放至陸中野田城，交由鲇貝宗信進行看管，其家臣暫時配置給八條房繁作為與力。

    而石龜信房、一方井安正因自己的兒子、家眷死于非命之后，憂思難解，怨天尤人。還沒抵達流放地，就先后郁悒而歿。不單單是南部家重臣們因失去兒子、家人而感到萬分悲痛，陸奧、陸中、津輕等國境內，幾乎家家緊閉門扉，念佛悲泣之聲，不絕于耳。

    在分配完奧羽兩州的領地之后，清定還不忘對其余參陣諸將進行封賞：

    河越城城主上杉定虎，靜謐奧羽兩州有功，加封武藏秩父郡御岳城、天神山城等地三萬石知行地，仍擔任鐮倉府侍所執事、上總守護代、入間郡郡司、都筑郡郡司、橘樹郡郡司、石田牧奉行、秩父牧奉行、立野牧奉行、遙領佐渡守護代、左龍捷備軍奉行等職如故；

    箕輪城城主長野業正，加封上野勢多郡山上城一萬石知行地，仍擔任上野守護代、群馬郡郡司、片岡郡郡司、那波郡郡司等職如故；

    太田城城主佐竹義昭，協助靜謐常陸一國有功，加封常陸茨城郡加倉井城一萬石知行地，仍擔任常陸守護代、下總守護代、評定眾等職如故；

    巖付城城主太田資正，加封武藏幡羅郡別府城一萬五千石知行地，仍擔任武藏守護代、琦玉郡郡司、足立郡郡司、橫見郡郡司、豐島郡郡司等職如故；

    平井城城主加地春綱，轉封至常陸茨城郡水戶城，領有五萬石知行地，改任茨城郡、那珂郡兩郡郡司；