不單單是三好長房、三好勝時等諸多身在山城境內的三好家同族重臣們對三好長逸、三好政康、巖成友通三人代替病重的三好長慶把持家中大權感到非常不滿，就連遠在河內、大和兩國的三好康長、松永久秀等人也派遣使者前來京都責問，并對三好三人眾施加壓力，讓他們盡快勸說三好長慶放棄京都。

    可三好三人眾依舊選擇秘不發喪，并拒絕三好家同族、譜代家臣們前去覲見三好長慶。同時，他們還以三好長慶、三好熊王丸的名義下令三好康長、松永久秀等人將河內、大和之兵輸送至山城境內，協助三好軍本隊抵御上杉軍的侵攻。

    原本，三好長慶為了抗擊上杉軍的侵攻，不惜從阿波、讃岐、淡路、東伊予、丹波、攝津、河內、和泉、大和等治下領國之中調集大部分的兵力，并親自坐鎮京都。

    三好長慶一開始的判斷是，上杉清定率東國之兵傾巢而出，有備而來，作為進攻方，連獲大捷，士氣正盛，又在近畿諸國作戰，因此他們與曾經的大內家類似，最希望速戰速決。若與其硬碰硬正面交鋒，一旦失利，上杉軍就將兵臨京都之外，如此一來，朝廷、足利將軍家、京兆細川家、三好家皆危矣。而他自己所率三好軍以及旗下大名、國人領主們乃是本土作戰，雖是守方，但只要守住比叡山、宇治川兩道防線，上杉軍就不敢輕易越過比叡山、宇治川兩道防線而去攻打京都或是其他地區。而己方只要固守不出，以上杉軍為主的近三十萬大軍孤軍深入，人吃馬喂每日消耗巨大，糧草補給都得從東國遠道運來，用不了多久，上杉軍的后勤補給就會跟不上。屆時，上杉軍既不能速進，又不得不消耗大量有生力量來攻堅拔點。待到軍卒疲憊，供輸不濟，其士氣必將低迷，自然就會退兵。若其退兵，三好軍只需尾隨追迫，相機反擊，上杉軍逃歸心切，破之必也。如此一來，不僅近畿諸國保全無虞，三好軍還能趁機一鼓作氣攻入北陸道、中山道、東海道諸國，亦未嘗不可。

    所以，三好長慶才會選擇將東拼西湊而來的九萬余軍勢全部壓在京都周邊，深挖濠、筑城池、廣積糧，準備與上杉軍進行長期對峙。

    只不過，三好長慶突染惡疾，三好軍潰敗之速，上杉軍攻勢之猛等諸多不利消息，完全大出偽朝一方所料。

    不僅比叡山、宇治川兩道防線在上杉軍的猛攻之下，皆沒能支撐一天的時間陷落，甚至連三好家視為山城北部重要屏障的丹波一國都被上杉軍的一路偏師迅速壓制，進而威脅到了播磨、攝津、山城三國北面的境目地帶。

    而且，自從丹波一國被上杉軍壓制后，作為上杉家旗下大名的山名家、丹后一色家也因此消除了自身的肘腋之患，隨后就將糧草輜重、兵員大肆輸送至丹波境內，策應上杉軍本隊的行動，并進一步對支持偽朝的赤松家、播磨一向一揆眾施加壓力，以及牽制其兵力。

    眼見形勢對偽朝一方是愈發不利，竹中重治再也坐不住了，他深知上杉家既然已經壓制丹波一國以及攻破比叡山、宇治川兩道防線后，下一步必將傾全力攻打京都。

    在無法面見三好長慶的情況下，竹中重治就只能退而求其次，選擇勸說三好三人眾，放棄京都，退守桂川（葛野川）以西的勝龍寺城、淀城、革島城、嵐山城、峰之堂城、筑山城、山崎城等易守難攻、地勢險要之地，并伺機對進入京都的上杉軍進行火攻，以此來達到大量殺傷上杉軍，并阻遏其進軍勢頭。

    對于竹中重治的提議，已經無計可施的三好三人眾在經過一番權衡后還是采納了。

    之所以三好三人眾會在此時采納竹中重治的提議，是因為三好軍屢戰屢敗，在失去了石山本愿寺支持的情況下糧草即將告罄，人心更是產生了浮動，很難再繼續堅守在京都一帶。

    再加上，京都周邊早就被三好軍濫妨狼藉多次，已經沒有油水可榨。三好三人眾認為還不如退守山城、攝津兩國境目地帶的勝龍寺城、淀城一帶，三好軍還能借助水軍優勢，從淀川獲得糧草輜重的補給，以緩解后勤壓力。

    人性如此，他不能承認你好，因為那樣就說明他前面的選擇就做錯了。讓人承認自己錯了這事對人性屬實是超綱了。這東西就得不斷的拿利益威懾和戰力威懾去打打屁股，一頓大嘴巴子呼臉上比啥注重方式方法都治病。

    但是，還沒等三好三人眾做好撤出京都的準備，上杉軍方面的攻勢并沒有停下。

    上杉清定在將本陣移至膳所城后，就開始實施破襲騷擾戰術。令宇佐美定勝、甘糟景持、金津義舊三人率本部騎馬武士，在多羅尾光俊、藤林正保所率的御庭番眾引導下，每天晚上都趁夜色從小道繞過三好軍的防守陣地，深入京都之中，大肆襲擾破壞縱火燒毀三好軍糧藏，又殺傷一部分三好軍，甚至是燒毀偽朝高位公卿的宅邸，使得三好軍各部受其襲擾，非常慌張。

    由于京都各地燃起的熊熊烈焰，把夜色里的京都照得有如白晝一般。在上杉軍的大肆襲擾下，京都之中流言四起，人心惶惶，周邊地區更是盜匪橫行，到處在趁火打劫。

    京都周邊頓時動蕩不安和緊張慌亂起來，莫名的恐慌惡疾一般，迅疾傳入朝堂和深深禁里御所之中，每個人都惶惑不安，不知所措。偽上皇伏見宮邦輔帶著二條晴良、九條稙通、今出川公彥、花山院家輔、高倉永相、廣橋國光、薄以緒、庭田重保等偽朝高位公卿，看著禁里御所周邊升起的滾滾濃煙與滔天烈焰，不禁面面相覷，難掩懼色。